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| STR/SSR微卫星分析 | |
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生物探索者 等级 ★ 楼主 发表于 2016/8/15 10:29:42 编 辑 |
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STR/SSR微卫星分析 微卫星位点通常通过PCR扩增和电泳检测，并根据片段大小分离等位基因进行分析；扩增后的等位微卫星可以用多种方法检测，1）传统方法采用聚丙烯酰胺凝胶电泳银染的方法适用于前期批量引物筛选；2）利用ABI遗传分析仪对荧光标记的DNA片段进行检测，结合分子量内标进行DNA片段长度计算，使STR分型变得高效快捷，适合大量样本的检测。 1） 提供服务内容 1 按照客户要求设计实验方案，包括是否需要引物筛选，荧光标记的选择，引物的设计、合成和标记；引物组合的确定； 2-1 按照设计的试验方案完成引物筛选；（如果已经选好跳过这一步） 2-2 完成荧光PCR，并在3730xl测序仪上完成数据采集；（前期会进行预实验） 3 对没有扩增出来的进行二次PCR，再次检测； 4 对收集的数据进行处理，提取结果图谱 5 可以去除影子带进行片段统计 6 标准分析： 根据毛细管电泳图谱，将检测峰判读为对应的等位基因； 高级分析：聚类分析；多样性分析；多态位点数(AP)、多态位点百分率( P)、平均等位基因数(Na)、有效等位基因数(Ne)、Nei′s基因多样性指数(H)、Shannon′s信息指数(I)、遗传分化度(Gst)等。 2）目前已经进行的样本类型：树木，草，花卉，昆虫，鱼类，虾类，真菌等； 3）客户提供： ★ 基因组DNA： ●至少15μL样品，浓度为50-100ng/μL； ●2%琼脂糖电泳检测有DNA主带，没有降解； ●DNA经过DNA纯化试剂盒或磁珠纯化； ●DNA需溶解在TE或灭菌的去离子水里； ●DNA溶解后，肉眼看不到杂色； ★ 植物材料： 新鲜组织，叶片采用硅胶干燥后或干冰运输； ★ 动物材料： 新鲜组织，无水乙醇封存低温运输； |
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