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| SNaPshot法SNP分型流程 | |
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生物探索者 等级 ★ 楼主 发表于 2016/8/15 10:28:10 编 辑 |
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SNaPshot法SNP分型流程 ★ 试验原理 该技术由美国应用生物公司（ABI）开发，是基于荧光标记单碱基延伸原理的分型技术，也称小测序，主要针对中等通量的SNP分型项目。在一个含有测序酶、四种荧光标记ddNTP、紧临多态位点5’-端的不同长度延伸引物和PCR产物模板的反应体系中，引物延伸一个碱基即终止，经ABI测序仪检测后，根据峰的移动位置确定该延伸产物对应的SNP位点，根据峰的颜色可得知掺入的碱基种类，从而确定该样本的基因型。对于PCR产物模板可通过多重PCR反应体系来获得，通常用于10-30个SNP位点分析。 ★ 试验流程 ● DNA 提取和质检； ● 引物设计与合成； ● 扩增反应； ● 延伸反应； ● 测序仪检测； ● 数据分析。 ★ 优点 1、通量高，一次反应可扩增最多10-15个位点； 2、数据完整性高，相对于MassArray高通量分析的时候经常发生个别样本失败或者个别位点丢失的情况，MassArra方法丢失的数据进行补充造价很高，一般不会补，而该方法可以以较低成本补充实验； 3、适应性强，实验结果可靠，该方法是ABI公司在10多年前开发成功的，历经了很多验证，发表了大量文章。 ★ 送样要求： 1、组织样本：-20℃或-80℃低温冰箱中保存，液氮或者干冰运输；市内或短途运输可冰袋运输。若提供的材料为新鲜组织、血液细胞等生物材料，请提供足够提取2ug以上基因DNA的材料量。 2、DNA样本：体积≥50ul，浓度≥50ng/ul，DNA总量≥2ug，纯度 OD260/280 在1.7～1.9之间，不含PCR抑制剂，须注明准确浓度。样品须低温冰袋运输。 3、血液样本：要求保存于抗凝管中或冻存管中，体积大于2ml，请用干冰运送，保证DNA不降解。 4、样品为石蜡包埋组织切片的，要求提供10张组织切片光片（面积>10mm×10mm,厚度约5-10um）。 |
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