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| 微生物多样性分析（DGGE技术） | |
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生物探索者 等级 ★ 楼主 发表于 2016/8/15 10:24:11 编 辑 |
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微生物多样性分析（DGGE技术） DGGE是根据DNA在不同浓度的变性剂中解链行为的不同而导致电泳迁移率发生变化，从而将片段大小相同而碱基组成不同的DNA片段分开。具体而言，就是将特定的双链DNA片段在含有从低到高的线性变性剂梯度的聚丙烯酰胺凝胶中电泳，随着电泳的进行，DNA片段向高浓度变性剂方向迁移，当它到达其变性要求的最低浓度变性剂处，双链DNA形成部分解链状态，这就导致其迁移速率变慢，由于这种变性具有序列特异性，因此DGGE能将同样大小的DNA片段很理想地分开，它是一种很有用分子标记方法。现已广泛应用于生物多样性调查、亲缘关系鉴定、基因突变检测等多个领域。 1）PCR-DGGE实验路线 前期确认阶段：试验样本类型，数量，引物，签订试验合作合同； 试验阶段：DNA提取，PCR扩增，变性梯度凝胶电泳，确认回收克隆条带；目的片段的克隆测序；（30个工作日） 数据分析：和客户详细沟通，确认分析方案：胶图分析（样本间或组间的聚类分析，PCA分析，灰度值分析，多样性指数分析）；序列分析（序列比对分析，结合图谱分析样本里边的优势种群分布情况，并进行系统发育树分析）； 目前已经进行的样本类型：土壤样本（森林，农田，池塘淤泥等）；肠道样本（鸡，鸭，鱼，鼠等）；粪便样本（昆虫，鼠，鸡，鱼，鸭，婴儿等）；污水处理材料（生物膜，高分子材料）；食品（如腊肉，火腿，鸡肉，茶叶等）沼池，不同处理前后水样，空气，酒曲等。 已经进行的菌群类型：常用细菌，真菌，古菌，产甲烷菌，产甲烷氧化菌，固氮菌，硝化细菌，反硝化细菌，氨氧化古菌等。 2）客户须知： 本公司需要签订技术服务合作合同； 本公司再试验结束后，如没要求，试验样本将统一销毁； 本公司不接受具有致病性和潜在危险的原始样本，此类样本请您提供样本DNA。 3）报价说明：
4）常用引物信息： | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||